0
Il DNA del virus funge da impronta digitale e il confronto della sequenza dell’epidemia con i genomi di riferimento internazionali viene utilizzato per cercare di stabilire relazioni genetiche tra le epidemie.
Per classificarlo è stato applicato lo schema armonizzato di caratterizzazione molecolare sviluppato dal Laboratorio di riferimento dell’Unione europea per la PSA (EURL-PPA, CISA-INIA/CSIC), che combina un approccio multigenico con il sequenziamento completo del genoma.
Caratteristiche del virus della PSA
Il PSAV è un virus:
- DNA a doppio filamento
- Eccezionalmente grande e complesso, con circa:
- 170.000-194.000 nucleotidi
- ± 170 geni, a seconda dell'isolato virale
- Mostra un'elevata conservazione genetica, soprattutto nella regione centrale del genoma.
Come vengono classificati i virus della PSA?
Livello 1. Classificazione genotipica globale del virus della PSA
Il virus della peste suina africana (PSA) è stato tradizionalmente classificato utilizzando la sequenza di un gene chiamato B646L, che codifica la proteina strutturale p72. Sulla base delle differenze in questo gene, è possibile stabilire un primo livello di classificazione dei virus, che ha permesso di identificare 24 genotipi in tutto il mondo.
Nonostante questa diversità globale, dalla sua introduzione in Georgia nel 2007 dall'Africa orientale, il genotipo II è stato il principale responsabile dell'attuale pandemia globale di PSA, colpendo numerosi paesi in Europa, Asia e Oceania, e raggiungendo la Repubblica Dominicana e Haiti nelle Americhe nel 2022.
Attualmente, il genotipo II è l'unico in circolazione in Europa, sia nelle popolazioni di cinghiali che in quelle di suini domestici.
I virus appartenenti al genotipo II sono estremamente simili tra loro dal punto di vista genetico, pertanto questo primo livello di classificazione è insufficiente per distinguere tra virus strettamente correlati e per indagare l'origine e la relazione tra focolai epidemici a livello regionale o locale.
Livello 2. Approccio multigenico alla differenziazione intra-genotipica del PSAV
Per superare la limitazione imposta dall'elevata somiglianza genetica dei diversi virus appartenenti al genotipo II, è stato sviluppato un approccio multigenico basato sul sequenziamento di 6 regioni aggiuntive del genoma virale.
- La regione intergenica (IGR in inglese) - tra i geni I73R e I329L
- La regione variabile centrale (CVR) del gene B602L
- Il gene O174L
- Il gene K145R
- La regione intergenica tra i geni 9R/10R della famiglia multigenica 505 (MGF multigene family)
- La regione denominata ECO2, situata tra i geni I329L e I215L
Questo approccio consente l'analisi congiunta delle varianti genetiche presenti in diverse regioni del genoma, comprese le sequenze ripetute in tandem (SRT) e le mutazioni puntiformi (SNPs –single nucleotide polymorphism), fornendo una risoluzione significativamente più elevata di quella ottenuta utilizzando i singoli marcatori.
La specifica combinazione di varianti rilevata in ciascuna di queste regioni definisce una firma genetica caratteristica per ogni virus.
Sulla base di ciò, sono stati definiti fino a 28 sottogruppi genetici all'interno del genotipo II attualmente in circolazione in Europa. Il sottogruppo genetico 1 corrisponde al profilo di base del genotipo II ed è associato al ceppo di riferimento del virus Georgia 2007/1.
Questa classificazione ha uno scopo strettamente epidemiologico, finalizzato alla tracciabilità molecolare e all'analisi delle vie di diffusione del virus, e non implica alcuna differenza nota in termini di virulenza, trasmissibilità o presentazione clinica.
Il virus rilevato nei cinghiali nella zona di Collserola, vicino a Barcellona, ha mostrato differenze genetiche rispetto ai virus precedentemente descritti. A causa di queste differenze, è stato classificato in un nuovo gruppo genetico: il gruppo 29 all'interno del genotipo II (Tabella 1).
Tabella 1. Sottogruppi genetici del genotipo II del PSAV definiti mediante l'approccio multigenico: profilo genetico.
| Sub-gruppo | CVR | IGR I73R / I329L | O174L | K145R | IGR MGF 505 9R/10R | ECO2 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | I | I | I | I | I | I |
| 2 | I | I | I | I | II | I |
| 3 | I | II | I | I | I | I |
| 4 | I | I | I | I | III | I |
| 5 | II | II | I | I | I | I |
| 6 | I | II | II | II | I | I |
| 7 | I | II | I | II | I | I |
| 8 | I | II | I | II | II | I |
| 9 | I-SNP1 | II | I | I | I | I |
| 10 | I | I | II | II | I | I |
| 11 | I-SNP1 | II | I | II | I | I |
| 12 | I | II | I | I | II | I |
| 13 | I | III | II | II | I | I |
| 14 | I-SNP1 | II | I | I | I | I |
| 15 | I | II | I | I | V | I |
| 16 | I | II | I | I | IV | I |
| 17 | I | II | I | I | I-V1 | I |
| 18 | I | III | II | I | I | I |
| 19 | I | II | I | I | I | II |
| 20 | I | IV | I | II | I | I |
| 21 | I | II | II | I | I | I |
| 22 | I | II | II | I | I | II |
| 23 | I | II | I | I | VII | I |
| 24 | I | II | I | I | VI | I |
| 25 | I | II | I | II | VIII | I |
| 26 | I | II | I-SNP1 | I | I | I |
| 27 | I | II | I | II | V | I |
| 28 | I | II | I | I | IX | I |
| 29 | I | II | I | I | I-V2 | I |
L'isolato spagnolo mostra un profilo genetico strettamente correlato al profilo basale del genotipo II (Georgia 2007), coincidente in cinque delle sei regioni analizzate e differente in una. Nella regione intergenica MGF505-9R/10R è stata rilevata una mutazione (G→A) non precedentemente descritta tra i 1.186 virus di genotipo II disponibili nel database EURL-PPA o nei database internazionali.
Che cosa significano le varianti?All'interno di ciascuna regione analizzata, le varianti sono denominate in modo standardizzato:
In questo modo possiamo differenziare virus simili con un elevato livello di dettaglio, mantenendo la coerenza tra gli studi. |
Valutazione della copertura genetica del genotipo II del virus VPSA in Europa
Il confronto con altri focolai richiede l'accesso a informazioni genetiche aggiornate e rappresentative sui virus circolanti in Europa.
I paesi sono stati classificati in base alla copertura genetica disponibile nel database delle sequenze del Laboratorio di riferimento dell'Unione europea per la peste suina africana (PSA) e ai dati ufficiali di notifica dei focolai relativi a suini domestici e cinghiali.
| Categoria | Anno dell'ultimo isolamento geneticamente caratterizzato | Numero totale di virus sequenziati disponibili | Esistenza di una circolazione attiva del VPSA | Dichiarazione ufficiale di eradicazione, ove applicabile | Paesi |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Fino al 2025 | Numero rappresentativo | Circolazione attiva | Estonia, Grecia, Croazia, Italia, Romania, Moldavia | |
| 2 | Informazioni genetiche recenti (2023–2024) | Sono disponibili le sequenze associate all'ultimo episodio epidemiologico | Paesi in cui la PSA è stata eradicata o in cui è attiva | Belgio, Bulgaria, Rep. Ceca, Germania, Lettonia, Slovacchia, Svezia, Albania, Bosnia-Erzegovina, Macedonia, Montenegro, Kosovo | |
| 3 | Dati genetici limitati (2021-2022) | Circolazione attiva | Lituania, Polonia | ||
| 4 | Mancanza di dati genetici negli ultimi cinque anni o un numero molto ridotto di isolati disponibili | Circolazione attiva | Ungheria, Serbia, Ucraina, Federazione Russa, Armenia, Azerbaigian, Bielorussia, Georgia | ||
Questa classificazione evidenzia l'esistenza di lacune geografiche e temporali rilevanti nelle informazioni genetiche disponibili in Europa.
Tabella 3: Numero di isolati del virus della peste suina africana di genotipo II e relativa percentuale, calcolata su un totale di 1.187 sequenze per le quali sono disponibili informazioni complete sulle sei regioni genomiche.
| Gruppo genetico | Distribuzione geografica (anno) | Nº | % |
|---|---|---|---|
| 1 | Georgia (2007), Armenia (2007–2008), Azerbaigian (2008), Federazione Russa (2009, 2012, 2019), Polonia (2022) | 11 | 0,9 |
| 2 | Federazione Russa (2012) | 1 | 0,1 |
| 3 | Ucraina (2012, 2019), Bielorussia (2013), Lituania (2014–2018, 2020–2022), Polonia (2014, 2018, 2021–2022), Lettonia (2014–2015, 2017–2024), Estonia (2014–2025), Repubblica Ceca (2017–2018), Romania (2017–2019, 2021, 2023–2024), Moldavia (2017–2018, 2025), Ungheria (2018–2019), Belgio (2018), Slovacchia (2019–2020, 2022–2023), Italia (2022–2023), Federazione Russa (2019) | 439 | 37,0 |
| 4 | Federazione Russa (2012) | 1 | 0,1 |
| 5 | Estonia (2015–2016) | 7 | 0,6 |
| 6 | Polonia (2016, 2019, 2021–2022), Germania (2020–2024), Repubblica Ceca (2022, 2024) | 154 | 13,0 |
| 7 | Polonia (2016–2019, 2021), Lituania (2017–2018, 2020–2022), Romania (2019), Lettonia (2021, 2023–2024), Federazione Russa (2018) | 156 | 13,1 |
| 8 | Polonia (2016–2017) | 11 | 0,9 |
| 9 | Estonia (2017) | 10 | 0,8 |
| 10 | Polonia (2017) | 2 | 0,2 |
| 11 | Polonia (2017) | 1 | 0,1 |
| 12 | Lettonia (2017–2018, 2021–2024) | 29 | 2,4 |
| 13 | Polonia (2017) | 1 | 0,1 |
| 14 | Lituania (2017), Lettonia (2023–2024) | 4 | 0,3 |
| 15 | Lituania (2017) | 1 | 0,1 |
| 16 | Lituania (2017–2018) | 5 | 0,4 |
| 17 | Lettonia (2017–2018) | 3 | 0,3 |
| 18 | Polonia (2018) | 1 | 0,1 |
| 19 | Romania (2018, 2021, 2023–2025), Bulgaria (2018–2020, 2024), Serbia (2019–2020, 2022), Grecia (2020, 2024–2025), Macedonia del Nord (2022, 2024), Italia (2022–2023), Svezia (2023), Croazia (2023–2025), Bosnia ed Erzegovina (2023), Montenegro (2024), Albania (2024), Kosovo (2024), Moldavia (2025) | 268 | 22,6 |
| 20 | Polonia (2018–2019, 2021–2022) | 23 | 1,9 |
| 21 | Romania (2019), Repubblica Ceca (2024) | 8 | 0,7 |
| 22 | Romania (2019) | 12 | 1,0 |
| 23 | Lettonia (2020) | 1 | 0,1 |
| 24 | Romania (2021) | 1 | 0,1 |
| 25 | Italia (Lazio, 2023) | 12 | 1,0 |
| 26 | Italia (Piemonte, 2023) | 4 | 0,3 |
| 27 | Polonia (2021–2022) | 15 | 1,3 |
| 28 | Estonia (2022–2024) | 5 | 0,4 |
| 29 | Spagna (2025) | 1 | 0,1 |
Livello 3. Sequenziamento completo del genoma del virus rilevato in Spagna.
Il genoma completo dell'isolato spagnolo è stato sequenziato con l'obiettivo di ottenere il massimo livello di risoluzione genetica.
La nomenclatura proposta per il ceppo trovato a Barcellona è SP25WB2611 e la sequenza è disponibile in GenBank in questo link
L'analisi ha rivelato che l'isolato presenta:
- Una lunghezza totale di 180.757 nucleotidi
- Una riduzione approssimativa di 9,8 kb dovuta a una grande delezione. Questa delezione comporta la perdita completa di 21 geni, in particolare geni appartenenti a famiglie multigieniche (MGF). Nello specifico, diversi geni delle seguenti famiglie:
- MGF110 (MGF110-7L, -8L, 9L, -10L/14L, -12L, -13La y -13Lb)
- MGF360 (MGF360-4L y MGF360-6L)
- GF100 (MGF100-1R)
Le delezioni in questa regione, sebbene non identiche per estensione o contenuto genico, sono state descritte sia in Europa che in Africa, indicando che questo tipo di riorganizzazione strutturale fa parte delle dinamiche evolutive naturali del virus.
Al di fuori della regione eliminata, l'isolato spagnolo mostra un'elevata stabilità genetica rispetto al ceppo di riferimento del genotipo II Georgia 2007/1. L'analisi comparativa ha rivelato:
- Un'identità nucleotidica superiore al 99,9% in tutte le regioni condivise tra i due genomi.
- Rispetto al Georgia 2007/1, sono stati identificati i seguenti elementi:
- 18 mutazioni puntiformi (SNP).
- 13 inserzioni e delezioni brevi (INDEL) di meno di 5 nucleotidi.
- Evidenzia una delezione di 5 nucleotidi localizzata in un gene della famiglia MGF505, non identificata in nessuno degli isolati disponibili nei database pubblici.
Scenari sull'origine del virus
Ad oggi, non è stato possibile stabilire direttamente un'origine geografica o epidemiologica specifica per l'epidemia. La presenza di una firma genetica unica nell'isolato spagnolo ci permette di escludere una sua correlazione con le sequenze del genotipo II attualmente disponibili nei database pubblici.
Rilascio accidentale da un laboratorio di ricerca
Per valutare l'ipotesi di una possibile fuoriuscita accidentale da un laboratorio di ricerca, 81 campioni di virus utilizzati nelle attività sperimentali del CReSA-IRTA sono stati analizzati presso il laboratorio di riferimento nazionale. Nessuno di essi presentava i marcatori genetici specifici (SNP) identificati nel virus spagnolo che ha causato l'epidemia.
I risultati ottenuti non hanno mostrato alcuna coincidenza genetica tra l'isolato spagnolo e i virus utilizzati nelle attività sperimentali del CReSA-IRTA, né a livello di marcatori parziali né su scala dell'intero genoma.
Introduzione da focolai europei attivi tramite trasmissione naturale o progressiva
Questa ipotesi non è considerata probabile, poiché il focolaio europeo attivo più vicino al momento del rilevamento (Italia) si trova a oltre 500-600 km di distanza e i paesi compresi tra questi due focolai dispongono di solidi programmi di monitoraggio della peste suina africana (PSA). Inoltre, il profilo genetico del virus rilevato in Spagna non ha mostrato una stretta correlazione con i virus italiani.
Introduzione deliberata
In uno scenario ipotetico di introduzione deliberata, è incoerente utilizzare un ceppo come l'isolato spagnolo, che presenta un elevato tasso di delezione e un comportamento biologico incerto, riducendone la prevedibilità in termini di trasmissione e patogenicità. Le introduzioni deliberate sono solitamente associate a ceppi ben caratterizzati con un comportamento epidemiologico noto.
Introduzione a lunga distanza mediata da attività umane
Questa via di trasmissione rappresenta il meccanismo più comune per la diffusione del PSAV su lunghe distanze ed è ampiamente documentata nell'epidemiologia della malattia. Tale scenario è coerente con diversi elementi epidemiologici osservati nell'epidemia rilevata in Catalogna:
- Comparsa isolata del focolaio.
- Assenza di focolai intermedi nei paesi limitrofi.
- L'epidemia si è localizzata in un ambiente altamente connesso, caratterizzato da un'elevata mobilità umana e da una fitta rete di infrastrutture stradali e ferroviarie.
- La divergenza genetica rispetto ai lignaggi dominanti in Europa, compresi quelli più vicini, suggerisce un'introduzione non collegata alla nota espansione geografica.
L'area interessata presenta ulteriori elementi che aumentano la probabilità di introduzione tramite i rifiuti. I focolai si sono verificati in un ambiente in cui i centri urbani sono immersi in aree forestali e agricole, vi è una presenza stabile di popolazioni di cinghiali senza significative barriere fisiche, e questi hanno accesso a contenitori per i rifiuti domestici, aree picnic, parchi frequentati, aree periurbane e infrastrutture stradali e ferroviarie.
Rapporto preparato da COMITÉ CIENTÍFICO PARA EL ASESORAMIENTO EN RELACIÓN CON EL BROTE DE PESTE PORCINA AFRICANA EN ESPAÑA.
Maria del Carmen Gallardo Frontaura
Marta Martínez Avilés
Christian Gortázar Schmidt
Carlos Sánchez García-Abad
Antonio Palomo Yagüe
Daniel Babot Gaspa
Jesús Salas Calvo
Emilio García Muro
Ana Rodríguez Castaño
La presente relazione preliminare riguarda gli eventi noti fino al 31.01.2026.
